O Programa Agrinho teve seu início em 1995 quando foram desenvolvidos a proposta pedagógica que tinha por essência os "temas transversais" e o primeiro material para alunos de 1ª a 4ª séries do Ensino Fundamental.
Na ocasião priorizou-se a temática ambiental em decorrência da necessidade de responder a problema pontual de extrema gravidade no meio rural - o da contaminação da população por agrotóxicos.
Em 1996 iniciou-se a implantação do programa de forma piloto em cinco municípios paranaenses.
No ano seguinte, com base na elevada receptividade e participação da comunidade escolar, buscou-se agregar à temática inicial dos agrotóxicos outros temas relativos à questão da saúde.
Em 1998 ampliaram-se e aprofundaram-se as temáticas relativas ao Meio Ambiente (solo, biodiversidade, água e clima) e foi incluído o tema Cidadania, que incorporou as temáticas relativas a Trabalho e Consumo, Temas Locais e Civismo.
Nova modificação fez-se necessária quando o governo estadual iniciou a implantação do processo de nuclearização das escolas, fator determinante para que o Programa AGRINHO passasse a trabalhar com crianças e jovens do meio urbano.
Em meados de 2002, o Programa passa por mais uma ampliação para contemplar outros temas que se faziam igualmente Prioritários: Meio Ambiente, Saúde, Cidadania e Trabalho e Consumo. Novos materiais são desenvolvidos, desta vez para alunos e professores. Um novo ciclo se inicia, e este, se completa em 2006.
Em 2006, quando o Programa completou 10 anos, realizou-se uma ampla avaliação e com base nesta, todo o programa foi repensado e a proposta foi acrescida de novos temas e materiais.
Em 2007, o Programa completa 12 anos de trabalhos no Paraná, o material do aluno recebe outra estruturação, passando a ser organizado por série e não mais por temas, e o material do professor é composto por dois livros. O público é ampliando, além das escolas da rede pública de ensino, este ano, estaremos trabalhando com a rede particular de ensino, tendo a proposta pedagógica baseada na interdisciplinaridade e na pedagogia da pesquisa.